2. Qualifikationsrunde Hinspiele 14.08.2008 ,Rückspiele 28.08.2008
Paarungen der Zweiten Qualifikationsrunde
Siroki Brijeg – Besiktas Istanbul
Sporting Braga – Zrinjski Mostar
Lokomotive Sofia – Borac Cacak
Vojvodina – Hapoel Tel Aviv
Aris Saloniki – Sl. B. Koprivnica
Litex Lovech – H. I. K. Shmona
Deportivo La Courna – Hajduk Split
APOEL Nikosia – Roter Stern Belgrad
KS Vllaznia Shkoder – SSC Neapel
Maccabi Netanya – Ch. M. Varna
Omonia Nikosia – AEK Athen
FHK M. Liepaja – FC Vaslui
FC Zürich – Sturm Graz
VfB Stuttgart – FC ETO Györ
Lech Poznan – Grassh. Zürich
Slovan Liberec – MSK Zilina
WIT Georgia Tiflis – Austria Wien
Young Boys Bern – VSC Debrecen
Legia Warschau – FK Moskau
Dnepropetrovsk – AC Bellinzona
NK I. Ljubljana – Hertha BSC
FK S. Marijampole – RB Salzburg
Djurgardens IF – Rosenb. Trondheim
Queen of the South – FC Nordsjälland
KAA Gent – Kalmar FF
Manchester City – FC Midtjylland
FC Honka Espoo – Viking Stavanger
Haka Valkeakoski – Bröndby IF
Stabaek IF – Stade Rennes
FC Kopenhagen – Lilleström SK
IF Elfsborg – St. Patrick’s Athletic
Aston Villa – FH Hafnarfjördur
Gruppenphase 23.10./18.12.2008
Sechzehntelfinale 18.02./26.02.2009
Achtelfinale 12.03./19.03.2009
Viertelfinale 09.04./16.04.2009
Halbfinale 30.04./07.05.2009
Endspiel in Istanbul 20.05.2009